Дженифер Энистон родилась 11 февраля 1969 года в семье актера Джона Энистона и модели Нэнси Энистон. Ее дед (по фамилии Анастасакис) приехал в США из Греции и стал владельцем закусочной.

Когда Дженифер Энистон исполнилось 9 лет, родители развелись. Девочка осталась в Нью-Йорке с матерью, но часто ездила к отцу в Лос-Анджелес.

Дженифер Энистон не очень охотно говорит о годах, проведенных с матерью. Тем не менее, судя по ее отрывочным репликам, можно предположить, что Нэнси Энистон была не очень счастлива в личной жизни и часто изливала на дочь свои фрустрации. Гораздо охотнее она вспоминает, что в те годы обожала группу Duran Duran и очень любила рисовать. Когда Дженифер Энистон было 11 лет, одна из ее акварелей попала на выставку в музей Metropohten.
Первая большая кинороль Дженифер Энистон в фильме "Она такая" (She's the One) показала, что она не боится быть на экране не желанной и некрасивой. Дженифер сыграла неуклюжую и нелюбимую жену дельца с Уолл-стрит который ехидно сравнивает ее со своей любовницей (Камерон Диаз) и говорит, что если первая похожа на "бьюик" 1974 года, то вторая на новенький "порше". Самое смешное, что после выхода этого фильма режиссера Эда Бернса забросали упреками, как он посмел вывести национальную любимицу Рэйчел в таком неприглядном виде! Бедняге пришлось долго объясняться, что он не виноват, Дженифер Энистон сама выбрала эту роль! Кстати, когда она пришла на пробы в сериал "Друзья" произошло нечто подобное ей предложили роль умненькой Моники, но она предпочла играть взбалмошную глупышку Рэйчел, которая начала свои телевизионные подвиги с того, что бросила жениха перед алтарем